Zamek kieżmarski przechodził w ręce różnych właścicieli: Stefan, Emeryk i Jan Zápolya (1462 – 1527), Hieronim i Olbracht Łascy (1530 – 1531, 1532 – 1571), Jan Rueber (1571 – 1577).
Najdłużej zamek należał do rodziny Thököly – Sebastiana, Stefana I, Stefana II i Emeryka (1579 – 1670, 1678 – 1684). Stefan II Thököly i jego syn Emeryk zasłynęli jako przeciwnicy absolutyzmu cesarza. Po stłumieniu powstań, którymi dowodzili, cesarz nakazał konfiskatę wszystkich majątków powstańców. Los ten dotknął także kieżmarskiego zamku. Wystawy, które obecnie się tu znajdują, przedstawiają życie Kieżmarku i okolicy od najdawniejszych czasów do początku XX w.
Do najcenniejszych eksponatów muzeum należy renesansowy intarsjowany klęcznik wykonany w 1544 r. przez mistrzów Jana i Krzysztofa Langów z Kieżmarku. Początkowo znajdował się w kościele katolickim św. Krzyża, później przeniesiono go do kaplicy zamkowej. Dziś stanowi unikalny przykład rzemieślniczej zręczności. Reprezentował nas na wielu wystawach rzemiosł artystycznych w świecie, gdzie zdobył także ważne nagrody.